Existe um utilitário bem útil nos casos de necessidade em unir (juntar) arquivos .pdf em apenas um arquivo. O nome do utilitário é pdftk.
Para instalar o pdftk basta utilizar o comando default de instalação de qualquer programa no Ubuntu:
sudo apt-get install pdftk
Depois disso utilize o comando abaixo para unir os arquivos:
pdftk arq1.pdf arq2.pdf cat output novo.pdf
T+
